Fast jeder von uns der mit Medaka oder Reisfischen begonnen hat, wurde am Anfang vor die Frage gestellt „Habe ich jetzt Männchen und Weibchen?“. Da beim Medaka beide Geschlechter farblich identisch aussehen, lassen sich die Geschlechter nur an Hand der Beflossung feststellen. Bei Jungfischen noch etwas schwieriger als bei erwachsenen Fischen.

Das Männchen hat in der Rückenflosse eine einkerbung, die das Weibchen nicht hat. Aber das markanteste am Männchen ist die wesentlich länger ausgezogene Afterflosse (Anale) unter dem Körper. Ansonsten von oben betrachtet, wirken die Weibchen meist fülliger als die Männchen.